L'allegato II al Regolamento EMAS prevede che "il programma di audit definirà per iscritto gli obiettivi di ogni audit o ciclo di audit, inclusa la frequenza di audit per ogni attività"

Il punto 4.5.4 della Norma ISO 14001, come è noto, prevede che "il programma di audit dell'Organizzazione, comprese tutte le scadenze, deve essere basato sull'importanza verso l'ambiente dell' attività esaminata e dei risultati degli audit precedenti".

Ciò significa che, nel programmare la frequenza degli audit nell'arco temporale prescelto (ad es., nell'anno) bisogna tener conto della rilevanza degli aspetti, cioè prevedere audit più frequenti per gli aspetti più rilevanti e/o per le attività più a rischio.

Perchè il programma di audit sia "basato sulla importanza verso l’ambiente delle attività esaminate", cioè per prevedere audit più frequenti nelle aree più critiche, esso non può essere impostato per punti della norma, ma per attività o per aspetti ambientali.

Una possibile soluzione, tenendo in ascisse i mesi, è di inserire in ordinate il SGA e i vari aspetti ambientali, prevedendo audit più frequenti per quelli più critici. Gli aspetti di sistema (struttura e responsabilità, formazione, controllo della documentazione, comunicazione, etc) potrebbero invece essere auditati ad intervalli più lunghi.

Nuove indicazioni derivano dalla recente Norma ISO 19011, che dà grande rilevanza al programma ambientale, tanto da considerare l'audit nient'altro che una parte del programma di audit. Il programma dovrebbe contenere non solo la data prevista per l’audit, ma anche personale, aree da auditare, criteri.